По итогам 2006 года доходы областного бюджета составили 20 млрд. рублей
По оперативным данным департамента финансов, по итогам 2006 года доходная часть областного бюджета Томской области составила 20197,4 млн. рублей, расходная часть - 20068,8 млн. рублей. По итогам 2006 года в областном бюджете сложился профицит в размере 128,6 млн. рублей. Собственные доходы областного бюджета за 12 месяцев составили 84,6%, или 17096,4 млн. руб. Наибольшие поступления приходятся на налог на прибыль организаций (7592,2 млн. руб., или 44,4% от общих доходов), налог на доходы физических лиц (3861,5 млн. руб., или 22,6%) и налог на имущество (2293 млн. руб., или 13,4%). От налога на добычу полезных ископаемых в областной бюджет поступило 1185,3 млн. руб., или 6,9% от всех доходов, от акцизов - 1128,8 млн. руб., или 6,6%. Неналоговые доходы составили 672,4 млн. руб. (3,9%).
15,4% доходов областного бюджета (3101 млн. руб.) приходятся на безвозмездные перечисления из федерального бюджета и иные безвозмездные перечисления.
По итогам 2006 года было израсходовано на межбюджетные трансферты - 7621,9 млн. руб., на социальную политику - 2630,6 млн. руб., на транспорт, сельское хозяйство и другие вопросы в области национальной экономики - 2384,2 млн. руб. Расходы областного бюджета на здравоохранение и спорт составили 2628,4 млн. руб., на образование - 1424,8 млн. руб. На правоохранительную деятельность, предупреждение и ликвидацию ЧС было направлено 1338,6 млн. руб., на культуру - 199,5 млн. руб.
На 1 января 2007 года государственный долг Томской области составил 2883 млн. руб., в том числе: кредиты коммерческих банков - 967,2 млн. руб., государственные ценные бумаги - 1556 млн. руб., бюджетные кредиты - 88,6 млн. руб., государственные гарантии - 271,2 млн. руб.