По оперативным данным департамента финансов, по итогам 2006 года доходная часть областного бюджета Томской области составила 20197,4 млн. рублей, расходная часть - 20068,8 млн. рублей. По итогам 2006 года в областном бюджете сложился профицит в размере 128,6 млн. рублей. Собственные доходы областного бюджета за 12 месяцев составили 84,6%, или 17096,4 млн. руб. Наибольшие поступления приходятся на налог на прибыль организаций (7592,2 млн. руб., или 44,4% от общих доходов), налог на доходы физических лиц (3861,5 млн. руб., или 22,6%) и налог на имущество (2293 млн. руб., или 13,4%). От налога на добычу полезных ископаемых в областной бюджет поступило 1185,3 млн. руб., или 6,9% от всех доходов, от акцизов - 1128,8 млн. руб., или 6,6%. Неналоговые доходы составили 672,4 млн. руб. (3,9%).
15,4% доходов областного бюджета (3101 млн. руб.) приходятся на безвозмездные перечисления из федерального бюджета и иные безвозмездные перечисления.
По итогам 2006 года было израсходовано на межбюджетные трансферты - 7621,9 млн. руб., на социальную политику - 2630,6 млн. руб., на транспорт, сельское хозяйство и другие вопросы в области национальной экономики - 2384,2 млн. руб. Расходы областного бюджета на здравоохранение и спорт составили 2628,4 млн. руб., на образование - 1424,8 млн. руб. На правоохранительную деятельность, предупреждение и ликвидацию ЧС было направлено 1338,6 млн. руб., на культуру - 199,5 млн. руб.
На 1 января 2007 года государственный долг Томской области составил 2883 млн. руб., в том числе: кредиты коммерческих банков - 967,2 млн. руб., государственные ценные бумаги - 1556 млн. руб., бюджетные кредиты - 88,6 млн. руб., государственные гарантии - 271,2 млн. руб.