85% водопроводов в Томской области не отвечают санитарным требованиям, в основном из-за отсутствия необходимого комплекса водоочистных сооружений. Об этом сообщает Территориальное управление Роспотребнадзора. При этом в Каргасокском районе удельный вес источников, не отвечающих санитарным требованиям, составляет 92%. В восьми плавательных бассейнах Томской области в 2005 году было взято 28 проб воды, все они оказались отрицательными.
Актуальной является проблема качества атмосферного воздуха. Особенно загрязнён он на автомагистралях, что связано с увеличением количества автотранспорта в Томске без должного увеличения пропускной способности автодорог, а также с недостаточным развитием общественного электротранспорта. В областном центре остаётся актуальной проблема по разработке и согласованию проектов санитарно-защитных зон для предприятий. По статистике, таких проектов не имеют 90% предприятий.