С 1 июля 2020 года Томская таможня была реорганизована путем присоединения к Кемеровской таможне. Как сообщает пресс-служба Кемеровской таможни, Асиновский и Томский таможенные посты, а также Томский таможенный пост (Центр электронного декларирования) были переподчинены Кемеровской таможне, им присвоены новые коды. Структурные подразделения объединены. Регион деятельности объединенного таможенного органа увеличился, теперь он составляет Кемеровскую и Томскую область.
Более половины сотрудников Томской таможни перешли в штат Кемеровской таможни, 35,84 % сотрудников перераспределились в другие таможенные органы Сибирского таможенного управления.
Объединение произошло в рамках таможенной реформы, направленной на оптимизацию таможенного администрирования.
Томская таможня была создана 5 августа 1992 года приказом Государственного таможенного комитета Российской Федерации № 310. Спустя год были образованы Асиновский, Стрежевской и Северский таможенные посты. А 12 мая 1994 года Томская таможня первой в России приняла присягу. Как одна из первых в России из вновь созданных таможен, Томская получила собственное здание. 5 февраля 2013 года на базе Северского таможенного поста был открыт Центр электронного декларирования (ЦЭД). Регионом его деятельности определена Российская Федерация, ЦЭД наделен полномочиями по взаимодействию при таможенном декларировании с основными крупными авиационными узлами западной части России (аэропорты Шереметьево, Внуково, Домодедово) и всеми таможенными постами Сибирского таможенного управления.