Его площадь составила чуть более 1,5% территории Томской области. Теперь 6% территории региона находится под заказниками.
Глобальная экологическая значимость Большого Васюганского болота признана национальными и международными природоохранными организациями. Это огромное хранилище запасов пресной воды, место обитания краснокнижных видов птиц, а также большого количества охотничьих животных. Здесь растут редкие и исчезающие виды растений. На болоте немало ценных таёжных ягодников - клюквы, брусники, морошки. Актуальность создания особо охраняемой территории в пределах Васюганской болотной системы обусловлена реальной угрозой сохранности ее ландшафтов.
Департамент природных ресурсов и «Облкомприрода» планируют придать заказнику «Васюганский» статус объекта Всемирного природного наследия ЮНЕСКО.