Главные события произошли на первом круге. Стартовавший с поула Хэмилтон старт "проспал", пропустив вперед Райкконена, но в первом повороте пилот "Макларена" совершил отчаянную попытку вернуть лидерство. Однако торможение было слишком поздним, и британец в поворот не вписался, откатившись на седьмое место, заодно подрезав нескольких соперников, включая Райкконена.
В этой неразберихе лучше других сориентировались Кубица и Алонсо, прорвавшись на первый ряд, следом шли Хейкки Ковалайнен и Ярно Трулли, и лишь третьей парой в пелетоне стали Масса и Хэмилтон. Но еще до окончания первого круга бразилец с британцем не на шутку сцепились в шпильке, в результате чего "Макларен" развернуло, а маневр пилота "Феррари" вызвал внимание судей этапа. После совещания было принято "соломоново" решение: наказать не только Массу, но и Хэмилтона - за маневр в первом повороте. Оба пилота получили штраф в виде проезда через гаражную прямую.
Далее гонка в ожидании первой серии дозаправок перетекла в более спокойное русло. Зрителей на трибунах в Фудзи лишь порадовал обгоном Райкконен, опередив Трулли. Кроме того, произошло несколько сходов по техническим причинам: Тимо Глок закончил гонку в боксах "Тойоты", прорвавшийся на десятое место Адриан Сутил припарковался на обочине из-за прокола, а у шедшего третьим Ковалайнена сгорел мотор.
Последовавшая за этим серия пит-стопов принесла смену лидера гонки. Первым в боксы завернул Кубица, а Алонсо хватило пары кругов, чтобы "подсидеть" поляка. Спустя несколько кругов, дав полидировать Трулли, Себстьяну Бурдэ и Нельсиньо Пике, испанец вышел на первое место.
Однако интрига сохранилась. Выяснилось, что в "Рено" провели более короткую, нежели в "БМВ" заправку. Гоночный инженер сообщил Алонсо, что Кубица будет иметь на несколько кругов больше перед второй остановкой, что позволит поляку отыграть отставание.
Но в действительности Кубице не только не удалось отыграться, но он едва не упустил свою позицию Райкконену. Действующий чемпион мира устанавливал один за другим быстрейшие круги и после пит-сопа вернулся на трассу непосредственно позади пилота "БМВ". "Айсмен" провел несколько острых атак, но гонщик из Кракова устоял, а вскоре финн прекратил активные попытки обгона, сберегая покрышки.
Алонсо же спокойно доехал до финиша и одержал вторую победу подряд, укрепив позиции "Рено" в качестве четвертой "конюшни" чемпионата. На этот раз пополнить очковый запас команды смог и Пике, финишировав на четвертом месте.
Трулли принес "Тойоте" на домашней трассе пятое место, а следом за итальянцем финишировали два Себастьяна из "Торо Россо" Бурде и Феттель заняли шестое и седьмое места соответственно.
На последнее очко претендовал Марк Уэббер на "Ред Булле", избравший рискованную тактику одного пит-стопа, но на последних кругах его догнал Масса и вышел вперед.
Таким образом, бразилец минимально сократил отставание от Хэмилтона (до 6 очков) в чемпионской гонке. В тоже время, Райкконен потерял даже теоретические шансы сохранить титул - от лидера его отделяет 21 очко за два этапа до финиша чемпионата.