По итогам тайного голосования из 32 депутатов 31 проголосовали «за», один воздержался.
С.Н. Никитенко принимал активное участие в законотворческой деятельности Государственной Думы Томской области, являясь депутатом второго созыва (1997-2001).
21 февраля 2002 года Государственная Дума Томской области оказала высокое доверие Сергею Николаевичу Никитенко, избрав его председателем созданной Думой Контрольной палаты.
Под руководством С.Н. Никитенко разработана необходимая нормативно-правовая база по обеспечению деятельности Контрольной палаты Государственной Думы Томской области. За пять лет работы Контрольной палаты проведено 112 контрольных мероприятий, в результате которых не только выявлены факты нецелевого, неправомерного использования бюджетных средств и областной собственности, но и обеспечен возврат средств в бюджет. По итогам проверок и экспертно-аналитической работы внесены действенные предложения в Государственную Думу Томской области по совершенствованию бюджетного процесса и управления областной собственностью.
Благодаря личному вкладу и организаторским способностям С.Н. Никитенко на территории Томской области создана эффективная система государственного финансового контроля за формированием и расходованием средств областного бюджета, использованием государственной собственности Томской области, происходит укрепление финансовой дисциплины.